修士課程では、高度な専門教育を行い、医学薬学を総合した医科学の専門知識を有する職業人と将来の博士課程進学を含む研究者の育成を目的とする。

博士課程では、独創的な研究を行う最先端の医学研究者、先端的な医療知識・技術を有した臨床医、さらにはそれらの知識・技術に基づき、医学教育を担い得る人材の育成を目的とする。

医学研究科では、最先端研究の現状の理解及び目標達成のための戦略を構築する能力の修得を目的として、国内外の最先端研究者の招へいによる特別講義やセミナーを開催するほか、大学院生の国際学会への参加や海外の大学・研究機関への長期留学を積極的に進めるとともに、東海地区6大学との連携や国内の最先端研究機関との連携大学院や共同研究を推進することにより、高度な専門性と学際的視点を備えた研究者を育成する。また、医ハントカジノ 登録ボーナス卒業生を対象としたMD-PhDコースにおいては、将来の医学研究科の研究の充実・発展を担う人材養成を目的として、入学後3年間の集中的かつ高度な教育により早期の成果達成をめざすほか、継続的に本コースを運用するために、医ハントカジノ 登録ボーナス学生に対してのコース説明会、体験入学等を開催する。